预充磁变压器的作用主要包括以下几个方面：

形成初始磁场：预充磁变压器能够使变压器的铁心磁化，形成初始磁场。这一磁场对于变压器的正常运行至关重要，因为它在变压器的工作过程中起到了引导线圈中电流流动的作用，从而实现电能的传输和转换。

抑制励磁涌流：在船用变压器空载合闸时，会产生很大的励磁涌流，特别是空载时最高可达几十倍额定电流，这可能会造成高压开关跳闸、线路电压波动等情况。采用预充磁技术可以显著减少这种励磁涌流，从而避免上述问题的发生。

提高系统稳定性：使用预充磁系统可以消除变压器空载合闸时产生的励磁电流，从而提高整个电力系统的稳定性。延长使用寿命：通过预充磁，可以减少变压器在合闸瞬间受到的冲击，从而延长其使用寿命。

提供预充磁电流：预充磁变压器利用高阻抗电路作为互感器的磁场预充电器，在通电瞬间产生磁场，为变压器提供预充磁电流。当预充电流达到所需值后，预充磁电路会自动切断，变压器进入正常工作状态。

综上所述，预充磁变压器在变压器的运行中起到了至关重要的作用，不仅能够形成初始磁场，还能有效抑制励磁涌流，提高系统的稳定性和变压器的使用寿命。